ЦЗН руководствуется в своей деятельности Конституцией РФ, федеральными конституционными законами, ФЗ, указами и распоряжениями Президента РФ, постановлениями и распоряжениями Правительства РФ, нормативными правовыми актами Министерства здравоохранения и социального развития РФ, нормативными правовыми актами органов государственной власти НО и органов местного самоуправления, принимаемыми в пределах их компетенции, а также Уставами ЦЗН.